Sylabus predmetu PHD_A306_N - Bioinformačné analýzy a databázy (FAPZ - 2019/2020 - doktorandské štúdiá)

     Informačný list          Podrobný obsah predmetu          Rozvrh          ECTS sylabus          

     Slovenčina          Angličtina          

Vysoká škola: Slovenská poľnohospodárska univerzita v Nitre
Fakulta: Fakulta agrobiológie a potravinových zdrojov
Kód predmetu: PHD_A306_N
Názov predmetu: Bioinformačné analýzy a databázy
Druh, rozsah a metóda vzdelávacích činností:
prednáška1 hod. týždenne / 13 hod. za semester štúdia (prezenčná metóda)

Kredity: 12
Odporúčaný semester: agrobiotechnológie - doktorandský (povinne voliteľný), 1. rok
agrobiotechnológie - doktorandský (povinne voliteľný), 1. rok
Stupeň štúdia: 3.
Podmieňujúce predmety: žiadne
Podmienky na absolvovanie predmetu:
Vypracovanie a prezentácia projektu za 30 bodov, záverečná skúška za 70 bodov.
Na získanie hodnotenia A je potrebné získať najmenej 93 bodov, na hodnotenie B najmenej 86 bodov, na hodnotenie C najmenej 79 bodov, na hodnotenie D najmenej 72 bodov a na hodnotenie E najmenej 64 bodov.
Výsledky vzdelávania:
Študent získa poznatky o nástrojoch analýzy bioinformatických dát na úrovni genomiky, transkriptomiky, proteomiky a metabolomiky. Získa praktické zručnosti vyhľadávania, analýzy a integrácia údajov v základných a špecializovaných databázach. Dokáže aplikovať bioinformatické softvéry v kontexte štúdia genetiky a molekulárnej biológie.
Stručná osnova predmetu:
Databázy (primárne, špecializované, ich obsah a prepojenosť), možnosti prehľadávania a získavania dát (využitie kľúčových slov, vyhľadávanie na základe sekvenčnej podobnosti – BLAST). Analýza štruktúry génu (primárna, sekundárna, terciárna), predikcie základných fyzikálno-chemických vlastností produktu génu (veľkosť, hodnota izoelektrického bodu atď.). Identifikácie proteínových domén, predikcie 3D štruktúry a funkcie. Jednoduché a viacnásobné porovnávanie sekvencií (DNA, proteínov), vyhodnotenie podobnosti a predikcie fylogenetických vzťahov. Databázy kompletných genómov – integrácia genomických a transkriptomických údajov pre daný organizmus, ich prehľadávanie a získavanie údajov.
Odporúčaná literatúra:
Odporúčaná:
BAXEVANIS, A.D. – OUELLETTE, B.F.F. 2005. Bioinformatics. A practical guide to the analysis of genes and proteins. 3rd ed., Hoboken : John Wiley & Sons, Inc., 540 p., ISBN 978-0-471-47878-2.
BREJOVÁ, B. – VINAŘ, T. 2011. Metódy v bioinformatike. 1. vyd., Bratislava : Knižničné a edičné centrum Univerzita Komenského. 92 s. ISBN 978-80-89186-94-5
Brown, T.A. Genomes 3. New York : Garland Science Publishing, 2007. 713 p. ISBN 0-8153-4138-5

Jazyk, ktorého znalosť je potrebná na absolvovanie predmetu: slovenský jazyk, anglický jazyk
Poznámky:
Hodnotenie predmetu:
Celkový počet hodnotených študentov: 5

ABCDEFX
80,0 %0 %20,0 %0 %0 %0 %
Vyučujúci : prof. Ing. Katarína Ražná, PhD. (prednášajúci, skúšajúci, zodpovedný za predmet)
doc. PaedDr. Ing. Jana Žiarovská, PhD. (prednášajúci)
Dátum poslednej zmeny: 1. 3. 2019
Schválil: prof. Ing. Katarína Ražná, PhD. a garant príslušného študijného programu


Poslednú zmenu urobila Gabriela Hvizdová dňa 01. 03. 2019.

Typ výstupu: