Persons at SUA

This page displays all publicly accessible information about the desired person. Some information about the person's occupation and offices may be hidden.

Ing. Juraj Medo, PhD.
Identification number: 1180
University e-mail: juraj.medo [at] uniag.sk
 
lecturer CSc.PhD. - Department of Microbiology (FBFS)

Contacts     Graduate     Lesson     Projects     Publications     Supervised theses     

Basic information

Basic information about a final thesis

Type of thesis: Bachelor thesis
Thesis title:Metagenomic analysis of microbial community in soil
Written by (author): Ing. Sláva Špániková
Department: Department of Microbiology (FBFS)
Thesis supervisor: Ing. Juraj Medo, PhD.
Opponent:Ing. Michal Gábor, PhD.
Final thesis progress:Final thesis was successfully defended.


Additional information

Additional information about the final thesis follows. Click on the language link to display the information in the desired language.

Language of final thesis:Slovak

Slovak        English

Title of the thesis:Metagenomické analýzy komunity mikroorganizmov v pôde
Summary:Pôda je základný prírodný zdroj, ktorý tvorí základ ekosystému a človeku umožňuje produkciu potravín, ale plní aj ďalšie ciele. Kvalitu pôdy vo významnej miere ovplyvňujú chemické, fyzikálne, biologické a biochemické vlastnosti, ktoré sú citlivé na zmeny prostredia. O kvalite pôdy rozhoduje najmä jej organická zložka ktorú tvoria okrem rastlín a živočíchov prevažne mikroorganizmy. Štúdium týchto mikroorganizmov je komplikované, pretože nie všetky je možné analyzovať tradičnými kultivačnými metódami. Udáva sa že len 1-2% zo všetkých mikroorganizmov v pôde je možné kultivovať v laboratóriu. Preto je potrebné použiť kultivačne nezávislé metódy hodnotenia, z ktorých sa do popredia dostali metódy založené na analýze DNA. V tejto práci popisuje, ako staršie, tak aj najnovšie metódy, ktoré sú použiteľné na skúmanie komunity pôdnych mikroorganizmov prostredníctvom DNA analýzy. Staršie metódy ako DGGE, TGGE alebo TRFLP predstavovali pokrok v analýze mikroorganizmov v environmentálnych vzorkách, avšak v súčasnosti ich prekonávajú metódy sekvenovania ďalšej generácie. Medzi tieto metódy patrí pyrosekvenovanie na platforme Roche 454, sekvenovanie ligáciou (SOLID) sekvenovanie na základe elektrického potenciálu (Ion Torrent) alebo sekvenovanie syntézou (Illumina). Práve posledná spomínaná technológia patrí v súčasnosti k najviac využívaným pri analýze komunity mikroorganizmov v pôde. Táto technológia pri použití prístroja Illumina MiSeq umožnuje získať sekvencie v dĺžke až 2x300 báz v množstve až 25 miliónov počas jediného behu prístroja. Pre analýzu mikroorganizmov týmto spôsobom sa používa takzvaný amplikónový prístup pri ktorom je najskôr pomocou polymerázovej reťazovej reakcie amplifikovaný gén, takzvaný fylogenetický marker (najčastejšie 16S rRNA) priamo z DNA získanej z environmentálnej vzorky. Následne je zmes vzniknutých sekvencií čítaná sekvenátorom a bioinformaticky zhodnotená. V tejto práci je vysvetlený skrátený postup celej analýzy vrátane softvérového spracovania.
Key words:pôda, mikroorganizmy, metagenomika, sekvenovanie, Illumina

Display and download files

To display the final thesis assignment form click on the Display the final thesis assignment form icon. The following icons - Final thesis, Thesis appendices, Supervisor's review, Opponent's review - relate to the final thesis and can be downloaded. They could be displayed on condition they have been inserted and are available publicly.

Display the assignment form

Parts of thesis with postponed release:

Final thesis (final thesis appendices) unlimited
Reviews for final thesis unlimited