Persons at SUA

This page displays all publicly accessible information about the desired person. Some information about the person's occupation and offices may be hidden.

Ing. Juraj Medo, PhD.
Identification number: 1180
University e-mail: juraj.medo [at] uniag.sk
 
lecturer CSc.PhD. - Department of Microbiology (FBFS)

Contacts     Graduate     Lesson     Projects     Publications     Supervised theses     

Basic information

Basic information about a final thesis

Type of thesis: Diploma thesis
Thesis title: Metagenomic analysis of microorganisms associated with maize plants
Written by (author): Ing. Nicole Bučeková
Department: Department of Microbiology (FBFS)
Thesis supervisor: Ing. Juraj Medo, PhD.
Opponent:Ing. Michal Gábor, PhD.
Final thesis progress:Final thesis was successfully defended.


Additional information

Additional information about the final thesis follows. Click on the language link to display the information in the desired language.

Language of final thesis:Slovak

Slovak        English

Title of the thesis:Metagenomická analýza mikroorganizmov asociovaných s rastlinami kukurice
Summary:Rastlinný mikróbom je jedným z hlavným faktorom zdravia rastlín a ich produkcie. Manipulácia a znalosť mikróbiómu má potenciál znížiť výskyt chorôb, zvýšiť poľnohospodárku výrobu, znížiť chemické postupy čo má za následok udržateľnejšie poľnohospodárske postupy. Táto práca je zameraná na identifikáciu mikrobiómu kukurice, ktorá je jednou z najdôležitejších pestovaných plodín celosvetovo. Bolo identifikované zloženie prokaryotických mikroorganizmov ktoré osídľujú a rastlinné ako aj pôdne prostredie a sledované boli aj zmeny zloženia mikrobiómu počas 3 fáz rastu rastliny (BBCH 15, 55 a 85). Mikrobióm bol analyzovaný v 6 rozdielnych nikách (v natívnej pôde bez rastlín, v rizosférovej zóne, rizopláne, v koreňoch rastliny, v stonke a v listoch. Zloženie mikrobiómu bolo analyzované amplikonovým sekvenovaním V4 regiónu génu pre syntézu 16S rRNA na platforme Illumina MiSeq. Podľa získaných sekvencií bolo určené mikrobiálne zastúpenie v daných vzorkách. Bol zistený preukazný rozdiel v zložení mikrobiómu medzi nikami. Najväčší rozdiel pri zastúpení mikroorganizmov bol pri pôdnych a rastlinných častiach. V pôdnych častiach najvýznamnejšie prevládal kmeň Acidobacteria, v menšej miere kmeň Proteobacteria. Z rastlinných častí to boli hlavne kmene Proteobacteria a kmeň Actinobacteria, ktorý mal najvyššie percentuálne zastúpenie vo fáze BBCH 85. Zistil sa vysoko prekazný rozdiel medzi v zložení mikrobiómu medzi jednotlivými nikami ale aj medzi fázami rastu a preukazná bola aj interakcia týchto faktorov. Hodnoty diverzity vyjadrené Shannonovým indexom boli preukazne ovplyvnené nikou ako aj rastovou fázou. Pri porovnávaní ník je najväčšií rozdiel medzi pôdnymi a rastlinnými časticami. Medzi pôdnymi prostrediami diverzita nie je rozdielna. Rastlinné časti vykazovali najvyššiu diverzitu v koreňoch. Pri porovnaní fáz rastu je diverzita rovnaká pri prvých dvoch fázach, posedná fáza BBCH 85 má nižšiu diverzitu. Zistené zastúpenie mikroorganizmov asociovaných s rastlinami kukurice je možné ďalej skúmať na podrobnejšej úrovni. Tieto poznatky môžu byť použité pre ďalšie využitie pri pestovaní kukurice, jej biologickom ošetrovaní a predchádzaní chorôb.
Key words:Zea mays , mikrobióm, Illumina, 16S rRNA

Display and download files

To display the final thesis assignment form click on the Display the final thesis assignment form icon. The following icons - Final thesis, Thesis appendices, Supervisor's review, Opponent's review - relate to the final thesis and can be downloaded. They could be displayed on condition they have been inserted and are available publicly.

Display the assignment form

Parts of thesis with postponed release:

Final thesis (final thesis appendices) unlimited
Reviews for final thesis unlimited