Persons at SUA

This page displays all publicly accessible information about the desired person. Some information about the person's occupation and offices may be hidden.

Ing. Juraj Medo, PhD.
Identification number: 1180
University e-mail: juraj.medo [at] uniag.sk
 
lecturer CSc.PhD. - Department of Microbiology (FBFS)

Contacts     Graduate     Lesson     Projects     Publications     Supervised theses     

Basic information

Basic information about a final thesis

Type of thesis: Diploma thesis
Thesis title:Metagenomic analysis of microorganisms associated with sunflower plants
Written by (author): Ing. Miroslava Franeková
Department: Department of Microbiology (FBFS)
Thesis supervisor: Ing. Juraj Medo, PhD.
Opponent:doc. Ing. Martina Miluchová, PhD.
Final thesis progress:Final thesis was successfully defended.


Additional information

Additional information about the final thesis follows. Click on the language link to display the information in the desired language.

Language of final thesis:Slovak

Slovak        English

Title of the thesis:Metagenomická analýza mikroorganizmov asociovaných s rastlinami slnečnice
Summary:Mikrobiálne spoločenstvá zohrávajú dôležitú úlohu v prakticky každom biogeochemickom cykle na Zemi. Interakcia medzi rastlinami, pôdou a mikroorganizmami je považovaná za hlavnú hnaciu silu ekosystémových funkcií a akákoľvek modifikácia rastlinného povrchu a / alebo vlastností pôdy môže ovplyvniť mikrobiálnu štruktúru, ktorá zasa ovplyvní ekologické procesy. Rôzne komunity baktérií žijú buď vo vnútri tkaniva, alebo na povrchu rastlinných orgánov, ako sú napríklad listy alebo korene. V tejto práci sme identifikovali zloženie spoločenstva prokaryotických mikroorganizmov osídľujúcich pletivá slnečnice rizoplán, rizosféru a priľahlú pôdu a sledovali sme zmeny v zložení mikrobiálneho spoločenstva počas vegetačného obdobia v troch fenologických fázach BBCH 15, 55 a 85. Sledovaná bola metódou Illumina MiSeq na základe génov pre syntézu 16S rRNA. Kompletné sekvencie daného úseku DNA boli získané pomocou bioinformatického nástroja SEED2. Sekvencie sme zoskupili do operačných taxonomických jednotiek (OTU). Zloženie bakteriálnych komunít na úrovni kmeňa bolo rozmanité. Kmeň Proteobacteria dominoval vo vzorkách listu, pričom najmenší podiel bol vo vzorkách pôdy a rizosféry. Kmeň Actinobacteria bol bohato zastúpený hlavne v stonke a liste, v ostatných nikách bolo jeho zastúpenie so zvyšujúcim sa stupňom BBCH nižšie. Kmeň Acidobacteria bol hojne zastúpený vo vzorkách pôdy a rizosféry. Bakteriálne komunity na úrovni tried mali výrazné zastúpenie Actinobacteria a Betaproteobacteria v nikách list, stonka a korene. Kmeň Alphaproteobacteria sa predovšetkým vyskytoval v rizopláne a v koreňoch. Trieda Gammaproteobacteria bola najviac zastúpená v rizopláne. Diverzita odhadnutá Shannonovým indexom bola podľa Fisherovho LSD testu v liste a stonke preukazne najnižšia, vyššiu diverzitu mali korene a rizoplán, rizosféra, ale aj natívna pôda bez rastlín. Použitím analýzy rozptylu sme zistili aj preukazné interakcie medzi nikou a rastovou fázou, diverzita v rizopláne vo fáze BBCH 15 klesla v porovnaní s pôdou a rizosférou, ale vo fázach 50 a 85 stúpala. Podobne pri fáze 15 bola diverzita v liste vyššia ako vo fázach 50 a 85. Študovať a poznať zloženie mikrobiómu môže byť dôležité z poľnohospodárskeho hľadiska, a to pre zvýšenie produkcie plodín, prípadne na zníženie používania chemických látok.
Key words:baktérie, Illumina, mikrobióm, nika, Slnečnica, 16S rRNA

Display and download files

To display the final thesis assignment form click on the Display the final thesis assignment form icon. The following icons - Final thesis, Thesis appendices, Supervisor's review, Opponent's review - relate to the final thesis and can be downloaded. They could be displayed on condition they have been inserted and are available publicly.

Display the assignment form

Parts of thesis with postponed release:

Final thesis (final thesis appendices) unlimited
Reviews for final thesis unlimited