Ľudia na SPU

Na tejto stránke máte zobrazené všetky verejne prístupne údaje o zadanej osobe. Niektoré informácie o personálnom zaradení a funkciách osoby môžu byť skryté.

Ing. Juraj Medo, PhD.
Identifikačné číslo: 1180
Univerzitný e-mail: juraj.medo [at] uniag.sk
 
odborný asistent CSc./PhD. - Katedra mikrobiológie (FBP)

Kontakty     Absolvent     Výučba     Projekty     Publikácie     Vedené práce     

Základné informácie

Základné informácie o záverečnej práci

Typ práce: Diplomová práca
Názov práce:Metagenomická analýza mikroorganizmov asociovaných s rastlinami slnečnice
Autor: Bc. Miroslava Franeková
Pracovisko: Katedra mikrobiológie (FBP)
Vedúci práce: Ing. Juraj Medo, PhD.
Oponent:doc. Ing. Martina Miluchová, PhD.
Stav záverečnej práce:Záverečná práca bola úspešne obhájená


Doplňujúce informácie

Nasledujú doplňujúce informácie záverečnej práce. Kliknutím na odkaz s názvom jazyka vyberiete, v akom jazyku majú byť informácie zobrazené.

Jazyk spracovania záverečnej práce:slovenský jazyk

slovenský jazyk        anglický jazyk

Názov práce:Metagenomická analýza mikroorganizmov asociovaných s rastlinami slnečnice
Abstrakt:Mikrobiálne spoločenstvá zohrávajú dôležitú úlohu v prakticky každom biogeochemickom cykle na Zemi. Interakcia medzi rastlinami, pôdou a mikroorganizmami je považovaná za hlavnú hnaciu silu ekosystémových funkcií a akákoľvek modifikácia rastlinného povrchu a / alebo vlastností pôdy môže ovplyvniť mikrobiálnu štruktúru, ktorá zasa ovplyvní ekologické procesy. Rôzne komunity baktérií žijú buď vo vnútri tkaniva, alebo na povrchu rastlinných orgánov, ako sú napríklad listy alebo korene. V tejto práci sme identifikovali zloženie spoločenstva prokaryotických mikroorganizmov osídľujúcich pletivá slnečnice rizoplán, rizosféru a priľahlú pôdu a sledovali sme zmeny v zložení mikrobiálneho spoločenstva počas vegetačného obdobia v troch fenologických fázach BBCH 15, 55 a 85. Sledovaná bola metódou Illumina MiSeq na základe génov pre syntézu 16S rRNA. Kompletné sekvencie daného úseku DNA boli získané pomocou bioinformatického nástroja SEED2. Sekvencie sme zoskupili do operačných taxonomických jednotiek (OTU). Zloženie bakteriálnych komunít na úrovni kmeňa bolo rozmanité. Kmeň Proteobacteria dominoval vo vzorkách listu, pričom najmenší podiel bol vo vzorkách pôdy a rizosféry. Kmeň Actinobacteria bol bohato zastúpený hlavne v stonke a liste, v ostatných nikách bolo jeho zastúpenie so zvyšujúcim sa stupňom BBCH nižšie. Kmeň Acidobacteria bol hojne zastúpený vo vzorkách pôdy a rizosféry. Bakteriálne komunity na úrovni tried mali výrazné zastúpenie Actinobacteria a Betaproteobacteria v nikách list, stonka a korene. Kmeň Alphaproteobacteria sa predovšetkým vyskytoval v rizopláne a v koreňoch. Trieda Gammaproteobacteria bola najviac zastúpená v rizopláne. Diverzita odhadnutá Shannonovým indexom bola podľa Fisherovho LSD testu v liste a stonke preukazne najnižšia, vyššiu diverzitu mali korene a rizoplán, rizosféra, ale aj natívna pôda bez rastlín. Použitím analýzy rozptylu sme zistili aj preukazné interakcie medzi nikou a rastovou fázou, diverzita v rizopláne vo fáze BBCH 15 klesla v porovnaní s pôdou a rizosférou, ale vo fázach 50 a 85 stúpala. Podobne pri fáze 15 bola diverzita v liste vyššia ako vo fázach 50 a 85. Študovať a poznať zloženie mikrobiómu môže byť dôležité z poľnohospodárskeho hľadiska, a to pre zvýšenie produkcie plodín, prípadne na zníženie používania chemických látok.
Kľúčové slová:baktérie, Illumina, mikrobióm, nika, Slnečnica, 16S rRNA

Zobrazenie a sťahovanie súborov

Pokiaľ chcete zobraziť zadanie záverečnej práce, kliknite na ikonu Zobraziť zadanie. Ikony Záverečná práca, Prílohy práce, Posudok vedúceho a Posudok oponenta predstavujú súbory týkajúce sa záverečnej práce, ktoré je možné stiahnuť. Budú zobrazené iba v prípade, že je súbor vložený a zároveň je verejný.

Zobraziť zadanie

Časti práce s odloženým zverejnením:

Záverečná práca (prílohy záverečnej práce) neobmedzene
Posudky záverečnej práce neobmedzene